| 1 | メインテーマ | - |
| 2 | プロローグ A | - |
| 3 | プロローグ B | - |
| 4 | 日常 | - |
| 5 | コロニー9 (Definitive Edition ver.) | - |
| 6 | コロニー9/夜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 7 | 戦闘! (Definitive Edition ver.) | - |
| 8 | 敵の猛追 (Definitive Edition ver.) | - |
| 9 | 故郷 (Definitive Edition ver.) | - |
| 10 | 故郷/夜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 11 | 親しき人への想い | - |
| 12 | モナド発動 | - |
| 13 | テフラ洞窟 (Definitive Edition ver.) | - |
| 14 | 纏わり付く視線 (Definitive Edition ver.) | - |
| 15 | 危機 | - |
| 16 | 行く手を阻む者 (Definitive Edition ver.) | - |
| 17 | 敵との対峙 (Definitive Edition ver.) | - |
| 18 | 怒り、心の闇 | - |
| 19 | 悲しみ | - |
| 20 | 別れ、そして… | - |
| 21 | 予感 | - |
| 22 | 思い出 | - |
| 23 | 焦り | - |
| 24 | 未来視発動 (Definitive Edition ver.) | - |
| 25 | 雄大 | - |
| 26 | ガウル平原 (Definitive Edition ver.) | - |
| 27 | ガウル平原/夜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 28 | 脱出艇キャンプ (Definitive Edition ver.) | - |
| 29 | 顔つき | - |
| 30 | コロニー6 〜中央採掘場〜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 31 | 引けない戦い | - |
| 32 | コロニー6 〜静寂〜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 33 | コロニー6 〜再興〜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 34 | コロニー6 〜希望〜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 35 | コロニー6 〜未来〜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 36 | 燐光の地ザトール (Definitive Edition ver.) | - |
| 37 | 燐光の地ザトール/夜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 38 | 巨神胎内/骸 (Definitive Edition ver.) | - |
| 39 | マクナ原生林 (Definitive Edition ver.) | - |
| 40 | マクナ原生林/夜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 41 | サイハテ村 (Definitive Edition ver.) | - |
| 42 | サイハテ村/夜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 43 | 伝説の勇者リキ | - |
| 44 | エルト海 (Definitive Edition ver.) | - |
| 45 | エルト海/夜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 46 | 皇都アカモート (Definitive Edition ver.) | - |
| 47 | 皇都アカモート/夜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 48 | 陰謀 | - |
| 49 | 祖霊の眠る地 (Definitive Edition ver.) | - |
| 50 | 神秘 | - |
| 51 | エギル | - |
| 52 | 監獄島 (Definitive Edition ver.) | - |
| 53 | 名を冠する者たち (Definitive Edition ver.) | - |
| 54 | 想いは内に… | - |
| 55 | ヴァラク雪山 (Definitive Edition ver.) | - |
| 56 | ヴァラク雪山/夜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 57 | 大剣の渓谷 (Definitive Edition ver.) | - |
| 58 | 大剣の渓谷/夜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 59 | ガラハド要塞 (Definitive Edition ver.) | - |
| 60 | 機の律動 (Definitive Edition ver.) | - |
| 61 | イレギュラーバウンド (Definitive Edition ver.) | - |
| 62 | 悲壮な決意 (Definitive Edition ver.) | - |
| 63 | 堕ちた地で… (Definitive Edition ver.) | - |
| 64 | 堕ちた地で…/夜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 65 | シュルクとフィオルン | - |
| 66 | 回想 | - |
| 67 | リキの優しさ | - |
| 68 | 希望 | - |
| 69 | マシーナの隠れ里 (Definitive Edition ver.) | - |
| 70 | 緊張 | - |
| 71 | 悔恨 | - |
| 72 | 機神界フィールド (Definitive Edition ver.) | - |
| 73 | 忍び寄る影 | - |
| 74 | 決戦前夜 | - |
| 75 | 中央工廠 (Definitive Edition ver.) | - |
| 76 | 帝都アグニラータ (Definitive Edition ver.) | - |
| 77 | 帝都アグニラータ/夜 (Definitive Edition ver.) | - |
| 78 | 不安 | - |
| 79 | 巨大な影 | - |
| 80 | 巨神の目覚め | - |
| 81 | 精神世界 | - |
| 82 | 回想/オルゴール | - |
| 83 | 巨神胎内/鼓動 (Definitive Edition ver.) | - |
| 84 | 最後の戦いへ (Definitive Edition ver.) | - |
| 85 | 記憶の果て… (Definitive Edition ver.) | - |
| 86 | ザンザの世界で (Definitive Edition ver.) | - |
| 87 | ザンザ (Definitive Edition ver.) | - |
| 88 | 神を絶ちし剣 (Definitive Edition ver.) | - |
| 89 | それぞれの未来へ | - |
| 90 | Beyond the Sky | - |
| 91 | エピローグ | - |
| 92 | 巨神肩 | - |
| 93 | 巨神肩/夜 | - |
| 94 | 戦いの刻 | - |
| 95 | 霧乃獣 | - |
| 96 | 古代都市グランデル | - |
| 97 | 古代都市グランデル/夜 | - |
| 98 | 彼方よりの咆哮 | - |
| 99 | Beyond the Sky (Acoustic Arrange) | - |
